Insegnamento a scelta per la Laurea Magistrale in Ing. Elettronica, Ing. Informatica, Ing. delle Telecomunicazioni, Nanotecnologie per l’ICT, II semestre del II anno. Nel corso verranno studiate le soluzioni HW/SW per l’analisi di dati genetici forniti dalle biotecnologie di ultima generazione (es. biosensori, nanotecnologie, etc.), verranno descritte tali tecnologie e approfondite le problematiche computazionali/algoritmiche per lo sviluppo di tool-flow per analisi complesse. Verranno anche studiate soluzioni per la computazione e lo storage distribuito dei dati genetici

Lo studente deve acquisire conoscenze sulle biotecnologie di ultima generazione, capacità di ideare ed applicare soluzioni algoritmiche e computazionali efficienti a problemi biologici, conoscenza di tecniche di ottimizzazione SW su griglia/CLOUD.

Programmazione in linguaggi ad alto livello (es. C, C++ o Java), linguaggi di scripting.

- Introduzione alla Bioinformatica: Concetti di Biologia Molecolare, Requisiti algoritmici, computazionali e tecnologici, Problemi di rilevanza nel campo della ricerca, dell’industria e delle aziende
- DNA e RNA-Sequencing: Descrizione delle tecnologie di sequencing, Problematiche algoritmiche e computazionali, Principali tool utilizzati per il sequenziamento e l’analisi dei dati, Problematiche relative allo sviluppo software per analisi avanzate
- Infrastrutture HW/SW parallele e distribuite per la Bioinformatica: Soluzioni HPC, soluzioni GRID, soluzioni CLUOD, Gestione dello storage, Caso di studio: RNA-Sequencing su CLOUD
- Tecniche bioinformatiche per l’analisi dell’espressione genica: Descrizione delle principali tecnologie (es. microarray, real-time PCR, RNA-Seq, etc.) , Metodologie SW per l’analisi di espressione e descrizione dei principali tool
- Tecniche bioinformatiche per lo studio e la predizione dei processi regolativi: Tecniche SW per la predizione degli RNA target dei miRNA, Derivazione delle reti regolative.

Per questo insegnamento sono previste esercitazioni e laboratori su alcuni dei tools studiati e calcolo di prestazioni sulle loro varianti parallelizzate

Slide del corso e manuale da stabilire.

Esame finale scritto/orale.