PERIODO: MARZO - APRILE
Introduzione alla biologia computazionale

Introduction to computational biology

1 DNA: il materiale genetico
1.1 Struttura ed organizzazione del DNA
1.2 Replicazione del DNA
2 Dal DNA all’RNA
2.1 Il dogma centrale della biologia molecolare
2.2 I meccanismo della trascrizione
2.3 Meccanismi di trasformazione dell’RNA
3 Dall’ RNA messaggero alle proteine
3.1 Il codice genetico
3.2 I componenti della sintesi proteica
3.3 La costruzione di una proteina
4 Mutazioni
4.1 Tipi di mutazione genetica
4.2 Meccanismi di correzione e riparazione del DNA
5 Organizzazione e funzione delle proteine
6 Regolazione dei meccanismi di espressione genetica in Batteri e Eucarioti
7 Introduzione alle moderne tecniche di misura: i microarray.
8 Comparazione e allineamento di sequenze
9 Problemi di inferenza di reti di regolazione
10 Ricostruzione filogenetica
11 Introduzione alle neuroscienze computazionali

Introduction to computational biology

1 DNA: the genetic material
1.1 Structure and organization of DNA
1.2 DNA replication
2 From DNA to RNA
2.1 Central dogma of molecular biology
2.2 Transcriptional mechanisms
2.3 RNA’s transformation
3 From messenger RNA to protein
3.1 The genetic code
3.2 The component in the protein synthesis
3.3 Building a protein
4 Mutations
4.1 Types of genetic mutations
4.2 DNA repair and correction
5 Function and organization in proteins
6 Regulation and expression in Bacteria and Eukaryotes
7 Introduction to modern measurement techniques: the microarrays
8 Sequence comparison and alignement
9 Inference of regulatory networks
10 Phylogenetic reconstruction
11 Introduction to computational neuroscience

Synopsis:
In the first set of lectures we have focused on understanding the structural basis of specific interactions among proteins and between proteins and other macromolecules. We have analysed the main computational tools for predicting the structure of proteins and the strength of interactions as well as tools for molecular design.

In the second part of the course we will focus the following topics:
1) molecular basis of gene regulation
2) integrative data analysis for molecular pathways identification
3) contact predictions in protein complexes from evolutionary sequences variation
4) a short introduction to computational neuroscience based on molecular modelling

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Dottorandi e Ricercatori sono invitati a partecipare.
Il Prof. E. Fraenkel in questi mesi e’ ospite del Politecnico come Distinguished Fulbright Chair