PORTALE DELLA DIDATTICA

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Fondamenti di chimica organica, biologia molecolare e microbiologia

01MZZMB

A.A. 2018/19

Lingua dell'insegnamento

Italiano

Corsi di studio

Organizzazione dell'insegnamento
Didattica Ore
Lezioni 48
Esercitazioni in aula 9
Esercitazioni in laboratorio 3
Tutoraggio 3
Docenti
Docente Qualifica Settore h.Lez h.Es h.Lab h.Tut Anni incarico
Collaboratori
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Didattica
SSD CFU Attivita' formative Ambiti disciplinari
2018/19
L'insegnamento è composto da due moduli e ha i seguenti obiettivi formativi: - la conoscenza della chimica organica necessaria per un ingegnere chimico, attraverso lo studio dei composti organici (struttura, nomenclatura, tecniche comuni di caratterizzazione spettroscopica) e della loro reattività e l'interpretazione razionale dei meccanismi di reazione (natura dei reagenti, intermedi, aspetti cinetici e termodinamici, stereochimica) - la conoscenza di base dei meccanismi molecolari che regolano i processi di fermentazione (produzione di monomeri e polimeri, farmaci, alimenti). - la conoscenza di base della microbiologia alimentare (fattori chimico-fisici che influenzano la crescita dei microrganismi negli alimenti, interazioni dei microrganismi con gli alimenti).
The course is made of two parts. The first one focusses on organic chemistry and the main topics are: – basics of organic chemistry, i.e. the organic compounds and their main reactions with their mechanisms; – basics of UV, IR and NMR spectroscopies; – the chemical literature for organic chemists. The second part is molecular biology and microbiology and the main topics are: - basics of cellular and molecular biology (cellular morphology and physiology, molecular mechanisms of the transmission of information, gene expression) and cell biochemistry. - basics of fermentation processes (production of building blocks, biopolymer, biopharmaceuticals). - basics of food microbiology (chemical-physical factors that influence the growth of microorganisms in food and the interactions of microorganisms with food).
L'obiettivo della prima parte del corso è sviluppare nell'allievo l'abilità di riconoscere le principali classi di composti organici con le loro strutture e le principali reazioni chimiche, interpretandole attraverso i meccanismi di reazione. L'allievo deve anche rendersi capace di indicare metodi spettroscopici per l'identificazione di prodotti organici, di usare la nomenclatura IUPAC per i composti organici, di reperire dati attraverso le fonti della letteratura scientifica. Quindi al termine dell'insegnamento si chiederà allo studente di: - conoscere le classi dei composti organici e la loro nomenclatura IUPAC - conoscere i meccanismi principali delle reazioni chimiche di base - conoscere le spettroscopie e la loro applicabilità per l'identificazione dei composti organici e il controllo delle loro reazioni - conoscere l'organizzazione della letteratura scientifica Lo studente saprà anche proporre delle strategie di preparazione di composti che richiedano processi semplici con non più di due passaggi sintetici. Attraverso il lavoro sperimentale in laboratorio verrà acquisita minima manualità in semplici operazioni sperimentali quali la preparazione e diluizione di soluzioni, la conduzione di analisi spettroscopiche (spettroscopia UV-Vis, una reazione chimica. L'obiettivo della seconda parte del corso è acquisire la conoscenza di base della biologia cellulare e molecolare, con particolare riferimento alla morfologia e fisiologia cellulare e ai meccanismi molecolari inerenti la trasmissione dell'informazione e l'espressione genica. L'allievo dovrà inoltre acquisire i fondamenti dell'applicazione dei sistemi cellulari in campo biotecnologico industriale. Quindi al termine dell'insegnamento si richiederà allo studente di: - conoscere le classi di macromolecole biologiche - conoscere la struttura cellulare e i microrganismi - conoscere i fondamenti del metabolismo cellulare - conoscere i fondamenti della microbiologia alimentare Ai fini dell'autonomia di giudizio e della comunicazione tecnica l'allievo deve essere inoltre in grado di - redigere una relazione di laboratorio - consultare la letteratura scientifica - conoscere la terminologia internazionale, in particolare quella inglese. Queste conoscenze e abilità vengono acquisite attraverso le esercitazioni di laboratorio e la preparazione di una ricerca bibliografica semplice.
At the end of the first part of the course, students will be able to recognise the main classes of organic compounds and their most common reactions along with their chemical mechanisms. Students will also know: a) basic spectroscopic methods for the identification of organic molecules b) use of IUPAC nomenclature c) basic ideas on scientific literature. They will approach problem-solving strategies in chemical synthesis, limited to products requiring no more than two synthetic steps. The main objective of the second part of the course is the basic knowledge of cellular and molecular biology, in particular cellular morphology and physiology and molecular mechanisms of gene expression. Students will be able to recognize the fundamentals of cellular systems in the field of industrial biotechnology. At the end of the second part of the course, the student will be asked for: - knowledge of classes of biological macromolecules - knowledge of cellular structure and microorganisms - knowledge of cellular metabolism fundamentals - knowledge of food microbiology fundamentals. In order to reach assessment autonomy and technical communication, the students must be able to: – write a laboratory report – analyze scientific literature – know international terms, in particular English ones These knowledges and skills shall be achieved through laboratory practices and bibliography research. Lab work will include simple experiments with the use of UV-Vis spectrophotometer, tensiometer and polarimeter.
L'allievo deve conoscere i fondamenti della chimica generale, in particolare i concetti di legami chimici primari e secondari, la stechiometria, gli equilibri chimici, nonché le basi della termodinamica, della fisica e della analisi matematica. Per il modulo di biologia molecolare e microbiologia, l'allievo deve avere acquisito i fondamenti della chimica organica (classi di composti organici e meccanismi principali delle reazioni chimiche).
Students should know the basic concepts of general chemistry (atom structure, chemical bonding, stoichiometry, thermochemistry, chemical equilibria, kinetics). For the molecular biology and microbiology modulus, students should know the fundamentals of organic chemistry (main classes of organic compounds and their main reactions with their mechanisms).
Prima parte: Fondamenti di chimica organica Ibridizzazioni e legami primari del C. I composti organici di base e relativa nomenclatura essenziale. I composti eterociclici. Composti derivati: classificazione delle principali famiglie di composti contenenti ossigeno e di composti contenenti azoto. Composti organici clorurati e fluorurati: i CFC Regole principali di nomenclatura IUPAC sostitutiva. Legami secondari dei composti organici: effetto sulle proprietà fisiche e sulla solubilità. Classificazione dei solventi. I tensioattivi. Isomeria dei composti organici: metamerie e stereoisomerie conformazionali, geometriche, ottiche. Stati energetici delle molecole organiche (stabilità, reattività) attraverso la teoria della risonanza: effetti elettronici dei gruppi funzionali organici. Processi di separazione di Isomeri ottici. Composti acidi e basici secondo Arrehnius, Bronsted-Lowry, Lewis. Equilibrio acido-base nei composti organici. Elementi di spettroscopia UV-visibile: transizioni elettroniche tipiche, gruppi cromofori e batocromici, il colore. Elementi di spettroscopia infrarossa: cenni ai fenomeni fisici a base della tecnica analitica, modi di risonanza (stretching, bending). Elementi di spettroscopia di risonanza magnetica nucleare NMR (1H e 13C): cenni ai fenomeni fisici a base della tecnica analitica, chemical shifts, regole per la previsione dei segnali di risonanza e della loro molteplicità. Determinazioni quantitative con tecniche spettroscopiche: legge di Lambert-Beer, metodi della retta di taratura, metodo delle aggiunte standard. Utilizzo delle spettroscopie per il monitoraggio della cinetica di una reazione. Reazioni chimiche dei composti organici: classificazione secondo esito e secondo meccanismo di reazione. Reazioni di addizione con meccanismo radicalico, reazioni di addizione con meccanismo elettrofilo, addizioni nucleofile al carbonile. Reazioni di sostituzione elettrofile aromatiche. Reazioni di sostituzione con meccanismo radicalico su idrocarburi saturi, meccanismo radicalico di inibizione con composti organici antiossidanti; Sostituzioni nucleofile alifatiche con meccanismi Sn1 e Sn2, sostituzioni nucleofile aciliche. Eliminazioni unimolecolari e bimolecolari. La letteratura scientifica: sorgenti primarie e secondarie, cenni di ricerca bibliografica. Seconda parte: Biologia molecolare e microbiologia Le caratteristiche fondamentali degli organismi viventi Metabolismo, informazione, riproduzione, eredità ed evoluzione. Composizione chimica della cellula Le principali molecole organiche di interesse biologico (amminoacidi, nucleotidi, glucidi, acidi grassi): struttura e funzione. Le macromolecole biologiche (polisaccaridi, lipidi, acidi nucleici e proteine). DNA, RNA e proteine L'informazione genetica e le molecole informazionali: introduzione generale e cenni storici. Struttura, funzione e metabolismo del DNA in procarioti ed eucarioti: meccanismi molecolari e regolazione dei processi di replicazione. Struttura, funzione e metabolismo degli RNA in procarioti ed eucarioti: meccanismi molecolari e regolazione del processo di trascrizione. Sintesi proteica in procarioti ed eucarioti: attivazione degli amminoacidi, codice genetico ed interazione codone-anticodone, struttura dei ribosomi, fasi della sintesi proteica. Struttura e funzione delle proteine: proteine fibrose, globulari, enzimi. Sintesi chimica di peptidi. Cenni di ingegneria proteica: la mutagenesi mirata e la manipolazione delle proteine. La tecnologia del DNA ricombinante Isolamento e caratterizzazione dei geni: enzimi di restrizione, vettori di clonaggio, preparazione e screening di banche genomiche. La manipolazione dell'espressione genica nei procarioti. La produzione di proteine ricombinanti negli eucarioti. Colture cellulari e animali transgenici Metabolismo cellulare Vie cataboliche e vie anaboliche. Energia libera delle reazioni biochimiche. Idrolisi dei composti fosforilati. Legami energetici. ATP e ADP. Metabolismo dei carboidrati: la glicolisi ed i suoi meccanismi di regolazione. La gluconeogenesi. Il ciclo degli acidi carbossilici: regolazione e significato del ciclo, vie anfiboliche, reazioni anaplerotiche. Trasporto degli elettroni e fosforilazione ossidativa. Sistemi cellulari in campo biotecnologico e alimentare Proprietà generali delle cellule procariotiche ed eucariotiche: struttura e organizzazione, modalità di riproduzione. Classi di microrganismi di interesse biotecnologico: batteri, lieviti, funghi filamentosi. Microbiologia industriale: principali processi e prodotti biotecnologici (biomasse microbiche, acidi organici, antibiotici) Microbiologia alimentare: microrganismi e trasformazione degli alimenti. Le tossinfezioni alimentari. Controllo della crescita microbica negli alimenti.
Organic Chemistry Ibridisation and bonding theory. Primary and secondary bonds in organic compounds. Effects on physico-chemical properties and solubility. Classification of solvents. Surfactants. Classification of organic compounds and basics of IUPAC nomenclature. Hydrocarbons, heterocyclic compounds, derived compounds. Chloro-fluorocompounds. Main organic functions and substitutive IUPAC nomenclature. Isomerisms, enatiomers separation processes. Theory of resonance. Electronic effects of organic functions. Acids and bases in organic chemistry. Absorption spectroscopies: UV-Vis, IR, H-NMR, 13C-NMR. Main chemical reactions: radical and electrophilic additions (on alkenes and dienes), nucleophilic additions (on aldehydes and ketones); electrophilic aromatic substitution, radical substitutions on alkanes, nucleophilic aliphatic substitution (Sn1,SN2 on halides and alcohols); acylic nucleophilic substitution (on carboxylic acids and their derivatives. Elimination (unimolecular and bimolecular mechanism). Basics on scientific literature and bibliographic search. Molecular biology and microbiology Characteristics of living organisms: cellular structure, metabolism, gene expression, reproduction and evolution. Chemical composition of cell. Biological organic molecules (amminoacids, nucleotides, carbohydrates, fatty acids). Biomacromolecules (polysaccharides, lipids, nucleic acids and protein). Basics of vitamins. DNA, RNA and proteins. Structure, function and metabolism of DNA and RNA: replication and transcription. Protein synthesis: amino-acid activation, genetic code, codon-anticodon interaction, ribosome structure. Protein structure and function: fibrous and globular proteins, enzymes. Chemical synthesis of peptides. Basics of protein engineering. Recombinant DNA technology. Isolation and characterization of genes: restriction enzymes, cloning vectors, microbial and cellular expression systems, pharming. Cellular metabolism. Catabolic and anabolic pathways: control of metabolic flux. ATP and "high-energy" compounds. Coupled reactions. Redox reaction. Metabolism of carbohydrates: glycolysis and gluconeogenesis. Krebs cycle: mechanisms and regulation, electron transport and oxidative phosphorilation. Cellular systems in biotechnology and food microbiology. General features of prokaryotic and eukaryotic cells: cellular structure and organization, reproduction. Microorganism classes: bacteria, yeasts, and filamentous fungi. Industrial microbiology: biotechnological products (microbial biomasses, organic acids, antibiotics). Food microbiology: microorganisms and food interactions, food pathogens, control of microorganism growth in food.
E' prevista una attività di laboratorio relativa alla determinazione di acidi nucleici e proteine.
Molecular biology lab work includes the determination of nucleic acids and proteins in samples deriving from different sources.
I testi di riferimento consigliati per la parte di biologia sono: B.Alberts et al., L'essenziale di biologia molecolare della cellula,II edizione, Zanichelli, Bologna 2005 I testi per approfondimenti sono: T.A.Brown Biotecnologie molecolari Principi e tecniche, I edizione, Zanichelli, Bologna, 2007 D.L.Nelson, M.M.Cox I principi di biochimica di Lehninger, IV edizione, Zanichelli,Bologna, 2006
Handouts will be available on the web page of the course. T.A. Brown, Biotecnologie molecolari Principi e tecniche, I edizione, Zanichelli, Bologna, 2007 D.L.Nelson, M.M.Cox, I principi di biochimica di Lehninger, V edizione, Zanichelli, Bologna, 2010. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter. L’essenziale di Biologia molecolare della cellula, III edizione, Zanichelli, Bologna, 2011
Modalità di esame: Prova orale obbligatoria;
Exam: Compulsory oral exam;
... Per il modulo di biologia molecolare e microbiologia la verifica prevede una prova orale (sino ad un massimo di punti 28). Sarà inoltre valutata la relazione di laboratorio (sino ad un massimo di punti 2). Il voto complessivo è la media pesata delle valutazioni ottenute per le due parti del corso (50% per la parte di Fondamenti di Chimica Organica e 50% per la parte di Fondamenti di Biologia e Microbiologia).
Gli studenti e le studentesse con disabilità o con Disturbi Specifici di Apprendimento (DSA), oltre alla segnalazione tramite procedura informatizzata, sono invitati a comunicare anche direttamente al/la docente titolare dell'insegnamento, con un preavviso non inferiore ad una settimana dall'avvio della sessione d'esame, gli strumenti compensativi concordati con l'Unità Special Needs, al fine di permettere al/la docente la declinazione più idonea in riferimento alla specifica tipologia di esame.
Exam: Compulsory oral exam;
For the part of the course on molecular biology and microbiology: oral test (maximum 28 marks). Report of results obtained in lab tests will be evaluated (maximum 2 marks). The final grade is the weight average of the marks of the two parts (50% Organic Chemistry, 50% Biology and Microbiology)
In addition to the message sent by the online system, students with disabilities or Specific Learning Disorders (SLD) are invited to directly inform the professor in charge of the course about the special arrangements for the exam that have been agreed with the Special Needs Unit. The professor has to be informed at least one week before the beginning of the examination session in order to provide students with the most suitable arrangements for each specific type of exam.
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