Politecnico di Torino
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Anno Accademico 2014/15
01OVFOV, 01OVFOQ, 01OVFOT, 01OVFPE
Bioinformatics
Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Informatica (Computer Engineering) - Torino
Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Elettronica (Electronic Engineering) - Torino
Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Delle Telecomunicazioni (Telecommunications Engineering) - Torino
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Docente Qualifica Settore Lez Es Lab Anni incarico
Ficarra Elisa ORARIO RICEVIMENTO A2 ING-INF/05 30 0 30 5
SSD CFU Attivita' formative Ambiti disciplinari
ING-INF/05 6 D - A scelta dello studente A scelta dello studente
Esclusioni:
01OVA; 01OUW; 01OVD; 01OVC; 01OVE; 01POJ; 01OUX; 01OUZ; 01OUY; 04BHM; 01OVB
Presentazione
Insegnamento a scelta per la Laurea Magistrale in Ing. Elettronica, Ing. Informatica, Ing. delle Telecomunicazioni, Nanotecnologie per l’ICT, II semestre del II anno. Nel corso verranno studiate le soluzioni HW/SW per l’analisi di dati genetici forniti dalle biotecnologie di ultima generazione (es. biosensori, nanotecnologie, etc.), verranno descritte tali tecnologie e approfondite le problematiche computazionali/algoritmiche per lo sviluppo di tool-flow per analisi complesse. Verranno anche studiate soluzioni per la computazione e lo storage distribuito dei dati genetici
Risultati di apprendimento attesi
Lo studente deve acquisire conoscenze sulle biotecnologie di ultima generazione, capacità di ideare ed applicare soluzioni algoritmiche e computazionali efficienti a problemi biologici, conoscenza di tecniche di ottimizzazione SW su griglia/CLOUD.
Prerequisiti / Conoscenze pregresse
Programmazione in linguaggi ad alto livello (es. C, C++ o Java), linguaggi di scripting.
Programma
- Introduzione alla Bioinformatica: Concetti di Biologia Molecolare, Requisiti algoritmici, computazionali e tecnologici, Problemi di rilevanza nel campo della ricerca, dell’industria e delle aziende
- DNA e RNA-Sequencing: Descrizione delle tecnologie di sequencing, Problematiche algoritmiche e computazionali, Principali tool utilizzati per il sequenziamento e l’analisi dei dati, Problematiche relative allo sviluppo software per analisi avanzate
- Infrastrutture HW/SW parallele e distribuite per la Bioinformatica: Soluzioni HPC, soluzioni GRID, soluzioni CLUOD, Gestione dello storage, Caso di studio: RNA-Sequencing su CLOUD
- Tecniche bioinformatiche per l’analisi dell’espressione genica: Descrizione delle principali tecnologie (es. microarray, real-time PCR, RNA-Seq, etc.) , Metodologie SW per l’analisi di espressione e descrizione dei principali tool
- Tecniche bioinformatiche per lo studio e la predizione dei processi regolativi: Tecniche SW per la predizione degli RNA target dei miRNA, Derivazione delle reti regolative.
Organizzazione dell'insegnamento
Per questo insegnamento sono previste esercitazioni e laboratori su alcuni dei tools studiati e calcolo di prestazioni sulle loro varianti parallelizzate
Testi richiesti o raccomandati: letture, dispense, altro materiale didattico
Slide del corso e manuale da stabilire.
Criteri, regole e procedure per l'esame
Esame finale scritto/orale.
Orario delle lezioni
Statistiche superamento esami

Programma definitivo per l'A.A.2014/15
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