In accordo con il Collegio dei Docenti, il Comitato scientifico ed il Gruppo di lavoro definivano un percorso educativo specifico per ciascun dottorando iscritto alla Scuola, che comprendeva:

• corsi di 2° e di 3° livello tenuti al Politecnico a cui lo studente era iscritto, o in una delle università partner o in altre istituzioni, in Italia o all'estero;
• specifici programmi didattici tenuti dalla Scuola Interpolitecnica chiamati "corsi di eccellenza". Questi consistevano in corsi avanzati specialistici definiti dal Comitato scientifico e dal Gruppo di lavoro e affidati a scienziati e ricercatori internazionali di alta reputazione scientifica, organizzati congiuntamente dai tre Politecnici;
• workshop e conferenze.